ניו הורייזונס - ציוני דרך

הירח - 8 שעות ו-35 דקות לאחר השיגור חלפה הגשושית על פני מסלולו של הירח.

מאדים - ב-7 באפריל 2006 בשעה 10:00 (לפי שעון גריניץ') חלפה הגשושית על פני מסלולו של כוכב הלכת מאדים, 78 ימים לאחר ששוגרה.

צדק - ב-28 בפברואר 2007 בשעה 5:44 (לפי שעון גריניץ') חלפה הגשושית על פני מסלולו של כוכב הלכת צדק, שם נעזרה בכוח המשיכה שלו, במהלך שנקרא אפקט הקלע הכבידתי, כדי להאיץ את מהירותה.

שבתאי - ב-8 ביוני 2008 חלפה הגשושית על פני מסלולו של כוכב הלכת שבתאי, ובכך הפכה לחללית המחקר הראשונה מאז וויאג'ר 2 שעברה את מסלולו של שבתאי.

אוראנוס - ב-18 במרץ 2011 חלפה הגשושית על פני מסלולו של כוכב הלכת אורנוס, לא צולמו תמונות שלו כיוון שהיה אז מרוחק כ-3.9 מיליארד קילומטרים מהגשושית.

נפטון - ב-25 באוגוסט 2014 חלפה הגשושית על פני מסלולו של כוכב הלכת נפטון.

פלוטו - ב-14 ביולי 2015 בשעה 11:49 UTC חלפה הגשושית על פני פלוטו במהירות 13.78 ק"מ/שנייה ובמרחק 13,695 ק"מ. הגשושית צילמה ותעביר מידע למרכז הבקרה ב-16 החודשים הבאים היות שקצב השידור הוא רק 2 קילוביט לשנייה.

כארון - ב-14 ביולי 2015 בשעה 12:01 UTC חלפה הגשושית על פני כארון במהירות 13.87 ק"מ/שנייה ובמרחק 29,473 ק"מ.

ב-1 בינואר 2019 החללית צפויה לחלוף על פני גוף בחגורת קויפר בקוטר של כ 30-45 קילומטר שכינויו 2014 MU69. המשימה דורשת אישור סופי של נאס"א בשנת 2016, אך תמרונים לתיקון המסלול של ניו הורייזונס נעשו כבר באוקטובר 2015.‏

ב 2029 צפויה הגשושית לעזוב את מערכת השמש.