בקשה להצעות עבור שלדת מטוס פורסמה ב-30 בדצמבר 1954, ובקשה עבור מנוע רקטי פורסמה ב-4 בפברואר 1955. נורת' אמריקן קיבלה את החוזה לבניית שלדת המטוס בנובמבר 1955, וב-1956 קיבלה ריאקשן מוטורס את החוזה לבניית המנועים.
כמו מטוסי X רבים, ה-X-15 תוכנן להינשא באוויר תחת כנף של B-52. גוף המטוס היה ארוך וגלילי, עם מעטפת אווירודינמית לקראת החלק האחורי שהעניקה לו מראה שטוח. למטוס היה גב עבה דמוי טריז וסנפירים בגחון. כן הנסע המתקפל כלל גלגל חרטום ושני מחלקיים; לפני הנחיתה היה הטייס צריך להשליך חלק מסנפיר הגחון כדי שלא יפגע בקרקע. שני מנועי ה-XLR-11 הרקטיים של הדגם הראשון, ה-X-15A, ייצרו 36 kN (8,000 ליברות) דחף; המנוע ה"אמיתי" שיוצר מאוחר יותר היה מנוע XLR-99 יחיד שייצר 254 kN (57,000 ליברות) בגובה פני הים, ו-311 kN (70,000 ליברות) בגובה המרבי.
חיל האוויר האמריקאי ו-NACA (הגוף שקדם לנאס"א) דנו רשמית בגרסת X-15, שכונתה X-15B, עוד לפני 1958. גרסה זו אמורה הייתה להיות משוגרת לחלל על-גבי טיל נאבאחו. לקראת סוף שנות ה-60 נבחנה אפשרות לשגר לחלל מטוס X-15 מוסב מעל גבו של המפציץ העל-קולי XB-70, אך גם תוכנית זו נזנחה. הרעיון ננטש לאחר שנאס"א נוסדה מתוך NACA ואושר לבצע טיסות חלל מאוישות במסגרת תוכנית מרקורי. ב1959 נטש גם חיל האוויר האמריקני את תוכנית ה-X-15 כאמצעי לשיגור חלליות צבאיות מאוישות, ובמקומה העדיף את תוכנית דאון החלל X-20. תוכנית ה-X-20 בוטלה בראשית שנות ה-60.
שלושת מטוסי ה-X-15 שיוצרו ביצעו 199 טיסות ניסוי בסך הכל, האחרונה בהן ב-24 באוקטובר 1968. טיסת הבכורה של ה-X-15, שהייתה טיסת דאייה לא ממונעת, נערכה ב-8 ביוני 1959 בהטסתו של סקוט קרודפילג. ובעקבותיה נערכה הטיסה הממונעת הראשונה ב-19 בספטמבר. הטיסה הראשונה עם מנוע ה-XLR-99 התקיימה ב-15 בנובמבר 1960. X-15A-1 (מספר 56-6670) ביצע 82 טיסות ממונעות בסך הכל, ה-X-15A-2 (מספר 56-6671) ביצע 53 טיסות ממונעות בסך הכל וX-15A-3 (מספר 56-6672) ביצע 64 טיסות ממונעות בסך הכל. שני מטוסי B-52 נשאו את המטוסים בניסויי הטיסה שלהם: NB-52A מספר 52-003 ו-NB-52B מספר 52-008. נעשו תוכניות לביצוע טיסה מספר 200 של ה-X-15 שישוגר מעל לסמית' ראנץ', אשר בנבאדה. הטיסה תוכננה ל-21 בנובמבר 1968 עם ויליאם ג' נייט כטייס.
עיכובים שונים שנגרמו עקב בעיות טכניות ותנאי מזג אוויר גרמו לשיגור המתוכנן להידחות לפחות שש פעמים עד לסוף דצמבר 1968. לבסוף, לאחר הביטול ב-20 בדצמבר 1968, עקב תנאי מזג אוויר, הוחלט כי לא תהיה טיסה 200. ה-X-15 הראשון נשלח למוזיאון האוויר והחלל הלאומי בוושינגטון הבירה. ה-X-15 השני מוצג כיום במוזיאון הלאומי של חיל האוויר האמריקאי בבסיס חיל האוויר רייט-פטרסון, ליד דייטון אשר באוהיו. ה-X-15 השלישי, מספר 56-6672, נהרס בהתרסקות ב-15 בנובמבר 1967.
12 טייסי ניסוי טסו במטוס, ביניהם ניל ארמסטרונג, שהפך מאוחר יותר לאדם הראשון שנחת על הירח וג'ו אנגול שהיה מאוחר יותר למפקד משימות טיסה במעבורת חלל.
ביולי ובאוגוסט 1963 חצה הטייס ג'ו ווקר את גובה 100 ק"מ פעמיים, ובכך היה לאדם הראשון שחדר לחלל פעמיים.
טייס הניסוי מיכאל ג' אדמס נהרג ב-15 בנובמבר 1967 כשמטוס ה-X-15 השלישי בו טס החל להסתחרר בעת צלילה ואז התפרק כאשר תאוצת כלי הטיס הגיעה ל-15 ג'י. חלקי המטוס התפזרו על שטח של כ-130 קמ"ר. ב-8 ביוני 2004 הוקמה אנדרטה במקום בו נמצא תא הטייס, ליד רנדסבורג אשר בקליפורניה. לאחר מותו הוענקו למיכאל אדמס כנפי אסטרונאוט בעבור טיסתו האחרונה ב-X-15 שבמהלכה הגיע לגובה של 266,000 רגל (81.1 ק"מ).
ב-1991 התווסף שמו של אדמס למצבת הזיכרון לאסטרונאוטים המוצבת במרכז החלל קנדי בפלורידה.
ה-X-15A השני נבנה מחדש לאחר תאונת נחיתה. הוא הוארך בכ-0.74 מטר (2.4 רגל), קיבל זוג מכלי דלק נוספים שנתלו תחת גוף המטוס, וצופה בחומר חסין אש. התוצאה כונתה X-15A-2. המטוס טס לראשונה ב-28 ביוני 1964, והגיע לבסוף למהירות 7,274 קמ"ש (4,520 מיל/שעה).
שיא הגובה אליו הגיע ה-X-15 לא נשבר על ידי אף כלי טיס מאויש אחר מלבד מעבורת החלל עד לטיסת החלל השלישית של ספייס שיפ 1 ב-2004.
המהירויות והגבהים נחצו פעמים רבות על ידי רקטות בלתי-מאוישות ששוגרו מהאוויר, כגון רקטת פגאסוס שנשאה מספר לוויינים למסלולם. השיא שהשיג ה-X-43A הזעיר, המונע על ידי מנוע על-מגח סילוני, ב-16 בנובמבר 2004, של קרוב למאך 10 (10,620 קמ"ש או 6,600 מיל/שעה) בגובה 95,000 רגל (29 ק"מ) הוא רק שיא של מנוע סילון "נושם" חמצן.