כלים, כלי נשק ומבני אבן מספקים הוכחה שבהוטן הייתה מיושבת כבר בסביבות המאה ה-20 לפנה"ס. מספר תאוריות משערות שמדינת לומון (Lhomon "החשיכה הדרומית") או מוניול (Monyul הארץ החשוכה) הייתה קיימת בין המאה ה-5 לפנה"ס למאה ה-6 לספירה. השמות לומון צנדנג'ונג ולומון קאז'י תועדו בכתבים טיבטים והודים עתיקים.
האירוע המתועד הקדום ביותר בבהוטן היה מעברו של הקדוש הבודהיסטי פאדמאסאמבהאווה (אשר נקרא גם גורו רינפוצ'ה) במאה ה-8. ההיסטוריה הקדומה של בהוטן איננה ברורה, זאת עקב הריסת רוב התיעוד בשריפה בפונאקה, בירתה העתיקה של הממלכה, בשנת 1827. עד למאה ה-10 ההתפתחות הפוליטית של בהוטן הושפעה בעיקר מההיסטוריה הדתית שלה.
מספר תת-כתות של בודהיזם צצו וקיבלו את חסותם של האצילים המונגוליים והטיבטים המקומיים. לאחר דעיכת האימפריה המונגולית במאה ה-14, התחרו כתות אלו זו בזו על עליונות פוליטית ודתית. לבסוף זכתה כת הדרופקה בשלטון הפוליטי והדתי במהלך המאה ה-16.
עד לתחילת המאה ה-17 הורכבה בהוטן ממספר יחידות פיאודליות יריבות. היא אוחדה לבסוף על ידי המנהיג הצבאי והלאמה הטיבטי שאבדראנג נגאוואנג נאמג'ייאל, אשר נחשב למייסד הממלכה. כדי להגן על הממלכה מפלישות טיבטיות, בנה נאמג'ייאל מספר דזונגים (מבצרים) בלתי חדירים מסביב למדינה והפיץ מנגנון חוקים שעזר להשליט את מרות השלטון הריכוזי על האצילים המקומיים. בהוטן הדרדרה לאנרכיה לאחר מותו של נאמג'ייאל בשנת 1652. הטיבטים תקפו את בהוטן בשנת 1710, תוך כדי ניצול התוהו ובוהו בממלכה. הם תקפו שוב בעזרת המונגולים בשנת 1730. שתי ההתקפות סוכלו ושביתת נשק נחתמה בשנת 1759.
במהלך המאה ה-18 שלטה בהוטן בממלכת קוץ'-ביהאר, אשר שכנה מדרום לה, החל בשנת 1722. בשנת 1774 ביקשה קוץ'-ביהאר עזרה מהודו, שהייתה אז תחת שלטון חברת הודו המזרחית הבריטית והיא עזרה לקוץ' ביהאר להניס את הכובשים הבהוטניים ולבסוף אף לתקוף את בהוטן עצמה בשנת 1774.
הסכם שלום נחתם כאשר בהוטן הסכימה לחזור לגבולותיה הקודמים. למרות זאת, השלום היה מתוח והתקלויות-גבול עם הבריטים המשיכו במהלך מאה השנים הבאות.
התקלויות אלו הובילו לבסוף למלחמת דואר על השליטה בעמקי הדואר באזור בנגל. לאחר תבוסתה של בהוטן במלחמה נחתם הסכם סינצ'ולה בינה לבין הודו הבריטית. כחלק מהפיצויים הושכרו הדוארים לממלכה המאוחדת בתמורה ל-50,000 רופיות. הסכם זה סימן את סוף העוינות בין הודו הבריטית לבהוטן.
לקראת סוף המאה ה-18 מאבקי כוח בין העמקים היריבים פארו וטרונגסה הובילו למלחמת אזרחים בממלכה. בסוף המלחמה עלה לשלטון מושל טרונגסה, אוג'ין וונגצ'וק (Ugyen Wangchuck). מבסיס כוחו במרכז בהוטן וונגצ'וק הביס את יריביו הפוליטיים ואיחד את בהוטן על אף מספר התקוממויות אזרחים שעלו נגדו.
בשנת 1907 הוכרז אוג'ין וונגצ'וק כראש בית המלוכה במדינה. ההחלטה התקבלה פה אחד על ידי אספת נזירים בודהיסטים חשובים, חברי ממשלה וראשי משפחות חשובות. הממשלה הבריטית הכירה במהרה במונרכיה החדשה ובשנת 1910 בהוטן קיבלה את ריבונות הכתר הבריטי בתמורה לחופש פוליטי בענייני הפנים. לאחר שהודו קיבלה את עצמאותה מהממלכה המאוחדת ב-15 באוגוסט 1947, ניתנה האפשרות לממלכות כמו בהוטן להצטרף להודו.
בהוטן בחרה להשאר עצמאית. ב-8 באוגוסט 1949 הכירה הודו בעצמאותה של בהוטן. לאחר מכן חתמה בהוטן על הסכם עם הודו, אשר בעקבותיו החליפה המדינה החדשה את בריטניה כנותנת החסות לממלכה.
לאחר כיבוש טיבט על ידי הצבא הסיני בשנת 1951 סגרה בהוטן את גבולה הצפוני והחלה לחזק את קשריה עם הודו. כדי להוריד את הסיכון שנשקף מסין, החלה בהוטן בתוכנית פיתוח שנתמכה בעיקר על ידי הודו. בשנת 1953 ייסד המלך ג'יגמי דורגי וונגצ'וק (Jigme Dorji Wangchuck) את הרשות המחוקקת בממלכה - אספה כללית בת 130 חברים. מטרת הקמת הרשות המחוקקת הייתה לקדם בהדרגה רעיונות דמוקרטיים במדינה ולנסות להרחיקה מהשפעתה של סין הקומוניסטית.
מאמצים נוספים מצד דורגי כללו הקמת ועדת מייעצת מלכותית בשנת 1965 וקבינט מדיני בשנת 1968. בהוטן התקבלה כחברה באו"ם ב-1971. ביולי 1972 ירש גיימי סיינגי וונגצ'וק (Jigme Singye Wangchuck) ירש את אביו דורגי לאחר מותו ועלה לכס המלכות בגיל 16.
צווים שהוכרזו בשנות ה-80 על ידי הממשלה, כללו חוקים שמטרתם לשמר את זהותה התרבותית של בהוטן כ"אומה אחת - עם אחד". לדוגמה, כל אזרח בבהוטן מחויב בלבוש בסגנון התרבות הבהוטנית. חוק זה כלל גם את המהגרים מנפאל שגרו באותה התקופה במדינה.
מדיניות זו ספגה ביקורת עזה מפעילים למען זכויות האדם וכן מקהילת המהגרים בממלכה, שטענו כי החוקים האלו נוצרו כדי לרודפם. מזווית הראייה של הבהוטנים היה זה ניסיון לשמר את התרבות הבודהיסטית של הרי ההימלאיה. עבור המהגרים הנפאלים בבהוטן, הצווים נראו כניסיון הבהוטנים לשמר את השלטון על ידי אכיפת התרבות הבהוטנית עליהם, זאת על חשבון זכויות האדם, פלורליזם ועקרונות דמוקרטיים.
המתיחות האתנית בין הנפאלים והבהוטנים התעצמה עוד יותר בשנות ה-80 המאוחרות, לאחר שהממשלה החלה ביישום חוק האזרחות משנת 1985. חוק זה קבע שרק מהגרים נפאלים שלהם מסמכים רשמיים המעידים שחיו בבהוטן לפני שנת 1958 יוכלו להיחשב כאזרחים. חוק זה הוביל ליצירת ארגוני מחאה רבים שמחו כי נעשה עוול לתושבים הנפאלים. המחאות הפכו אלימות בשנת 1991 ובעקבותיהן מתו כ-300 אנשים ורבים נעצרו. לאחר מחאות מממשלת נפאל שוחררו רוב האסירים על ידי ממשלת בהוטן. אף על פי כן, לא הושג פתרון למצוקת הנפאלים בבהוטן ולפחות 100,000 מהם עדיין נמצאים במחנות נציבות האו"ם לפליטים בסיקים שבצפון הודו ובנפאל, לאחר שגורשו מהממלכה.
בשנת 1998 החל המלך סיינגי ברפורמות פוליטיות גדולות לקראת שינוי המשטר למונרכיה חוקתית. הוא העביר את רוב סמכויותיו לראש הממשלה ותמך בחוק המאפשר הדחת המלך על ידי רוב של שני שלישים מהאספה הכללית. בתחילת 2005 הוכרזה חוקה חדשה בממלכה, שאושרה ביולי 2008.
בדצמבר 2006 התפטר המלך גיימי סיינגי וונגצוק לטובת בנו, ג'יגמה קיזר נאמגייל ואנגצ'וק (Jigme Khesar Namgyel Wangchuck). קבוצת נפאלים, פליטים מבהוטן, ביקרו את המהלכים האלה כניסיון להסב את תשומת הלב מבעיית הפליטים במדינה.